Ondanks de sterke prestaties zijn er ook duidelijke nadelen waarmee rekening gehouden moet worden. Ten eerste is het alles-in-één-station omvangrijk en vraagt het om een vaste plek die voldoende ruimte inneemt. In kleinere woningen of appartementen kan dit een nadeel zijn, zeker als je beperkte opbergruimte hebt. Daarnaast heeft het complete systeem een prijskaartje dat hoger ligt dan eenvoudige robotstofzuigers zonder station; naast de aanschafkosten moet je ook rekening houden met terugkerende kosten voor stofzakken, vervangende dweilen en filters.
Hoewel het dweilsysteem krachtig is, is het geen vervanging voor intensief handmatig schrobben bij hardnekkige, ingedroogde vlekken op poreuze oppervlakken. Omdat de MopMaster voornamelijk mechanische wrijving en water gebruikt, kunnen diepe vlekken op sommige materialen toch blijven bestaan. Verder kan de robot, ondanks slimme obstakelherkenning, moeite hebben met zeer kleine of extreem lage voorwerpen (denk aan kleine kabels of dunne textielstukken) die niet altijd perfect worden herkend, waardoor incidentele schoonmaakonderbrekingen mogelijk blijven.
Tot slot is er sprake van regelmatig basisonderhoud: hoewel veel taken geautomatiseerd zijn, blijven verbruiksartikelen zoals stofzakken, mopjes en filters aan vervanging onderhevig. De kosten en beschikbaarheid van originele vervangingssets kunnen op termijn doorwegen. Ook is het geluid tijdens intensieve zuig- en dweilcycli hoger dan bij rustige standjes, wat belangrijk kan zijn als je vaak overdag wilt laten reinigen terwijl je thuis werkt of rust.